Oratie Prof. Stal

Tijdens mijn verblijf in Washington heeft een van onze werkgroepleiders zijn oratie uitgesproken. Hoewel hij al langer aan de Universiteit van Amsterdam als hoogleraar verbonden was, heeft hij pas op 11 april 2008 zijn inaugurele rede uitgesproken. Het kwam er niet eerder van zei hij. In zijn rede wild hij met name ook voor buitenstaanders een helder beeld geven van zijn vakgebied – mariene microbiologie.
Vorig jaar tijdens mijn cursus “Cutting Edge Ecology” gaf hij een gloedvolle presentatie over gesteenten (stromatolieten) uit de begintijd van het leven op aarde, waarin nog de fossielen van bacteriën terug te vinden zijn.
Fossil stromatolites date back 3.5 billion years. Stromatolites are laminated rocks that were formed in shallow marine settings through the precipitation of silicate as the result of the growth and metabolic activities of microorganisms.

Prof. Stal is aangesteld als bijzonder hoogleraar in de mariene microbiologie, in het Instituut voor Biodiversiteit en Ecosysteem Dynamiek (IBED) van de Faculteit der Natuurwetenschappen, Wiskunde en Informatica.IBED (Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics) is een onderzoeksinstituut van de UvA, waar het NIOO regelmatig mee samenwerkt.
IBED is a multidisciplinary research institute with a mission to increase our insights in the functioning of ecosystems in all their complexity. Knowledge of the interactions between living organisms and processes in their physical and chemical environment is essential for a better understanding of the dynamics of ecosystems at different temporal and spatial scales.
De oratie was getiteld ‘Een zee van bacteriën’
Lucas Stal gaat in op de overweldigende diversiteit aan bacteriën in zee en oceaan. Elke milliliter zeewater bevat ruwweg ca. 1 miljoen bacteriën en 10 miljoen virussen. We kunnen slechts 0.1 tot 1% van deze bacteriën en virussen in het laboratorium isoleren, opkweken en bestuderen. Van de overige 99.9% weten we veel minder, maar we kunnen hun aanwezigheid detecteren aan de hand van hun DNA. Bacteriën spelen een cruciale rol in de oceanen. Ze zijn verantwoordelijk voor meer dan de helft van de totale CO2-invang door fotosynthese in zee en voor 100% van de stikstofinvang. De uitdaging voor de komende jaren is om middels geavanceerde technieken meer inzicht te krijgen in de samenstelling en het functioneren van deze mariene micro-organismen.

Leuk om te lezen. Het blijft onvoorstelbaar dat er zo veel micro-organismen zijn war wij nog maar zo weinig over weten.

Prokaryote

Bacteriën dus. Ze heten " prokaryoten" omdat ze geen celkern hebben, en dat is nu juist het wezenlijke verschil met alle andere organismen. Die hebben wel een celkern en heten Eukaryoten (daaronder vallen dan de eencelligen met celkern, de schimmels, de planten en de dieren).
Letterlijk betekent het ' voor - kern'.
Je hebt ' eubacteriën ', dat zijn de eencelligen (dus zonder celkern), die in vier verschillende vormen kunnen voorkomen: bol-, staaf-, komma, of spiraalvormig.

Daarnaast heb je nog de cyanobacteriën , de blauwalgen. Ook een geliefd onderwerp op het instituut. Die vallen ook onder de prokaryoten. Blauwalgen (geen ' echte' algen) kunnen eencellig zijn, maar kunnen ook kolonies of celdraden vormen. Zij hebben een eenvoudig soort chlorofyl om door fotosynthese licht om te zetten in energie.

Bacteriën

De bibliotheek wordt in Heteren als seminar room gebruikt en er werd een presentatiegegeven van een onderzoekje wat een stagiaire had gedaan naar de laboratoriumtechnieken om bacteriën beter te kunnen onderzoeken.

Ze doen in het hele instituut veel aan bacteriën, maar hier in Heteren zijn het dus die uit de bodem. En nu ik zo een beetje op de bacterie google, ga ik ook beter begrijpen waar ik met online boeken bezig ben.

Ik heb me namelijk erg beziggehouden met de problematische online toegang tot het boek The Prokaryotes, een uitgave van Springer. Dat is een groot werk in 7 delen over bacteriën dus.

Het boek is erg gedetailleerd en te specialistisch voor mij. Overigens is de toegang nu weer goed geregeld. Ter informatie en op een minder hoog niveau lees ik de lesbrief van Maarten en er gaat een wereld voor me open.