30 aug. 2010

Van Endnote naar Web publiceren

Op de NIOO webpagina hou ik de lijsten met publicaties bij.
Hoe krijg je nu een nette lijst op het web?



Via Endnote en Word.
Het begint bij Endnote. Al onze NIOO publicaties (wetenschappelijke publicaties geschreven door NIOO medewerkers) worden beheerd via Endnote: beschrijving en pdf.

Vanuit Endnote kan ik tamelijk makkelijk lijsten maken per afdeling.
Ik doe dat via Tools - Subject Bibliography. Daarna meestal op jaar gesorteeerd.
Om de titelbeschrijving er netjes op te krijgen hebben wij een outputstyle gemaakt.
Maar daar zijn een paar kanttekeningen bij de te zetten:
a) inspring
b) hyperlink (van DOI)
c) hyperlink naar pdf

ad a) In de outputstyle voor de lijsten heb ik aangegeven dat ik geen inspringing wil. In het venster van de Subject Bibliograhy staat alles dan ook netjes links uitgelijnd onder elkaar. Ik bewaar de lijst in rtf-formaat en als ik die vervolgens in html wil kopieren is alles weer hangend ingesprongen.
Oplossing: Open eerst via Word en geef via Format/Home - Paragraph aan dat je geen (none) indentation wilt.

ad b) In de outputstyle heb ik aangegeven dat de hyperlinks ook als hyperlink moeten worden beschouwd. In het Subject Bibliography venster ziet dat er ook zo uit. Maar helaas blijkt bij kopieren dat het weer platte tekst is.
Oplossing: Open eerst via Word en kies voor - handmatige - Autoformat, waarbij alleen een vinkje staat bij hyperlinks. De lege regel tussen twee titels valt dan jammer genoeg weg.
Oplossing bb: Eerst in Word zoek en vervang naar de dubbele paragraafmarkering, die de lege regel aangeeft en vervang die door een enkele paragraafmarkering aangevuld met een $ (dollarteken). Klik AutoFormat, en Zoek en vervang alles weer terug.
Dit had ik mooi bedacht in Word 2003, maar met 2007 en nu helemaal met Wordt 2010 is het wel even zoeken waar die Autoformat is gebeleven. Welaan, die zit onder File - Options - Proofing - Autocorrectoptions. Daar kun je het instellen. En d.m.v. het commando Customize ribbon, kun je het Autoformatcommando in een eigen tabje in het lint plaatsen.

ad c) De hyperlink naar pdf geeft als je die in het veld File Attachments zet, een interne link. Helaas kun je die link daarna niet meer wijzigen. Om dat toch te kunnen doen zetten we die link in het veld URL.

Al met al vergt het nog wat aanpassingen om Endnote, Word en HTML te laten doen wat ik wil. Maar het lukt!

26 aug. 2010

Cursus digitale duurzaamheid

Datamanagement is een onderdeel van mijn werk en niet het meest gemakkelijke.
Bij datamanagement gaat het om het bewaren, beschrijven en toegankelijk maken en houden van gegevens, in ons geval onderzoeksgegevens.
Het onderwerp digitale duurzaamheid legt de nadruk op het over tijd toegankelijk, leesbaar houden van digitaal materiaal. Er is een Nationale Coalitie Digitale Duurzaamheid, die onlangs nog een rapport hebben uitgebracht “Toekomst voor ons digitaal geheugen”.

Nu is er in oktober a.s. in Londen een workshop Digital Preservation Training Programme.
Leek me wel interessant, maar de kosten – nog zonder verblijf in London (= duur) zijn 763 GBP, zo’n 850 Euro. Beetje prijzig.
En als ik naar het programma kijk gaat het vnl. over OAIS, het Open Archival Information System. Dus eerst maar wat erover lezen, de aanbevolen literatuur van de DPTP website en verder rondkijken.
Vlg. Wikipedia:

“An Open Archival Information System (or OAIS) is an archive, consisting of an organization of people and systems, that has accepted the responsibility to preserve information and make it available for a Designated Community.”



De norm voor OAIS, Reference Model for an Open Archival Information System (OAIS), een 148 pagina’s tellend document bevat alleen al 5 pagina’s met definities (p.17-22) en eindigt met een uitbundig schemaWaar het precies over gaat is me niet geheel duidelijk. Zal eerst maar eens de andere literatuur erover lezen, zoals de ‘… Introductory guide'van Brian Lavoie


En vervolgens ben ik begonnen aan de online tutorial Digital Preservation Management
van de ICPSR, Inter-university Consortium for Political and Social Research. De tutorial is al in 2003 opgezet door de Cornell University Library. Zij hebben een aparte sectie op de website ‘Research Data Management and Publishing Support at Cornell’

De online tutorial begint met stap 1 'Setting the stage', waarin ze een tijdslijn aanbieden, die een overzicht geeft van alle ontwikkelingen rondom digitale gegevens en digitale opslag en duurzaamheid.
Dat is erg interessant met veel informatieve links.
Er zijn 6 stappen, maar ik heb nu met stap 1 al zoveel informatie dat het wel een tijdje kan duren voor ik de hele tutorial voltooid heb.

24 aug. 2010

Data management IPY

Op een mooie zonnige dag ben ik naar Texel gevaren om een bezoek te brengen aan het NIOZ (Nederlands Instituut voor Onderzoek Zee) en wel aan de Data Management Group en in het bijzonder die van de data management van het IPY.
IPY staat voor het International Polar Year. Het IPY 2007-2008 had een zeer divers programma met international polaire onderzoeken. Vanuit Nederland werden en 17 onderzoeksprojecten uitgevoerd.
Het NIOZ en in het bijzonder de DMG fungeert als Nederlands National Polar Data Center en had voor het managen van de data die uit die onderzoeksprojecten voortkomen een datamanager (Ira van den Broek) aangesteld.
In het Annual Report wordt onder het hoofdstuk Scientific Support Services een beschrijving gegeven van de activiteiten die in het kader van het IPY data management zijn verricht.
Ik was diep onder de indruk van de aanpak van zowel NWO (reserveert geld voor data management) als IPYDIS (IPY Documentation and Information Services, Internationale coördinatie) als DMG (uitvoering van Nederlandse IPY data management). Wat een mooie professionele aanpak!
Vanuit het IPYDIS wordt het internationale data management van het IPY gecoördineert. Zij bieden metadataportal, een data policy en ondersteuning van de nationale IPY data centers.
In juni heeft het IPYDIS een document gepubliceerd over de status van de data “The State of Polar Data—the IPY Experience”.
De IPY data strategy bestaat uit 4 elementen:
- Identify and share the data (identification)
- Serve the data in interoperable frameworks (availability)
- Preserve the data (preservation)
- Coordinate the process (coordination)
In juli 2010 was nog slechts een fractie van de data gepubliceerd.
Wel is duidelijk geworden dat specifieke data managers onontbeerlijk zijn bij het identificeren en publiceren van de data. Voor het registreren van de metadata kon gebruik worden gemaakt van de Global Change Master Directory van de NASA
Hun missie:


The mission of the Global Change Master Directory is to offer a high quality resource for the discovery, access, and use of Earth science data and data-related services worldwide, while specifically promoting the discovery and use of NASA data.


De GCMD biedt een interactief formaat voor het invoeren van metadata. De eigenlijke data kan worden opgeslagen in een gedistribueerd datacentrum en gelinked worden aan de GCMD.
Het voordeel van gebruik van een service als de GCMD is dat de metadata tamelijk uniform en gebruikersvriendelijk kan worden aangeleverd. Hoewel er uiteraard toch nog onderlinge afspraken nodig zijn. Er wordt in de GCMD gebruik gemaakt van diverse thesauri ofwel autorisatielijsten.
Toch bleek dat veel onderzoekers wel de hulp van een speciale data manager nodig hadden om alles efficient in te voeren.
Hoewel de doelen van de IPYDis niet helemaal gehaald zijn is wel duidelijk geworden dat data management een integraal onderdeel moet zijn van onderzoeksprojecten en bij voorkeur al van het begin moet worden opgepakt. En uiteraard ook expliciet gefinancierd.

Veel geleerd van dit bezoek: in ieder geval dat je het data management gecoordineerd moet aanpakken en zoveel mogelijk gestructureerd. En dat ondersteuning vna de onderzoekers daarbij noodzakelijk is. Dat blijkt ook weer uit een recente presentatie van Liz Lyon van UKOLN "Enabling research data management at the coalface".

De rest van het weekend genoten van Texel:


18 aug. 2010

iPad vervolg

De onderzoeker aan wie ik de iPad te leen heb gegeven is razend enthousiast. Zeker het snel kunnen opzoeken en het annoteren van pdfs scoort hoog.
Ook Alex Golub in Inside Higher Ed pleit in zijn "iPad for Academics" voor een iPad voor iedere onderzoeker.
En dat lijkt mij inderdaad ook wel.
*
Hoewel het mij in eerste instantie om het lezen van pdfs gaat, was er enige discussie over het lezen van gekochte boeken op de iPad. De boeken die ik via de zogenoemde 'moordstick' heb gekocht kon in zonder meer overzetten. Maar die hebben dan ook geen DRM beveiliging. Als je bijv. via bol.com eboeks koopt dan worden die meestal via Adobe DRM beveiligd en is het de bedoeling die te lezen met Adobe Digital Editions. Het platform ereaders.nl publiceerde de route om ebooks met DRM beveiliging op de iPad te lezen via txtr.
*
Inmiddels begrijp ik dat half september de WeTab op de markt komt. De Duitse firma Neofonie heeft een tablet ontworpen als concurrent voor de iPad.
In eigen woorden:

Das WeTab besitzt eine offene Plattform, an der Jedermann mitwirken kann.
Es basiert auf etablierten Technologien wie Linux, Android und Adobe AIR, sodass Entwickler in aller Welt sich Applikationen für Sie ausdenken können.
Also zusätzlich zu den unzähligen Anwendungen, die bereits für Android – und damit fürs WeTab – existieren.


Ik ben erg benieuwd erna. Lijkt alles te hebben wat iPad ontbeert: multitasking, open toegang (USB), android apps, camera enzo. Ben erg benieuwd of het scherm en de leesbaarheid net zo scherp en flexibel zijn als de iPad en of het OS voldoet. In september bij MediaMarkt.

*
Voorzichtig ben ik begonnen met installeren en uitlenen van de iPad (een maand). Ik durfde in eerste instantie geen betaalde apps te installeren omdat die met een andere iTunes login er zo mee afgeveegd kunnen worden.
Olivier Obst van de MedizinFakultät Münster Zeigbibliothek Medizin pakt het grondiger aan. Hij heeft drie iPads, die hij per week uitleent met een aantal vaste apps. Volgens de regelementen is het niet de bedoeling om zelf met iTunes te synchroniseren. Hij heeft een Wissens-Wiki over o.m. de iPad ingericht.
Deze presentatie en inrichting ziet er erg professioneel uit. Complimenten!.
Ben benieuwd naar de ervaringen.
Een week lenen lijkt me erg weinig, maar ik kan me wel voorstellen, en die vragen krijg ik ook, dat mensen de iPad mee willen nemen voor een congresbezoek in bijv. de VS.

9 aug. 2010

iPad ervaring

Sinds 23 juli, de dag van de introductie heb ik een iPad. Prachtig ding, bedoeld als test in de bibliotheek om te zien of het geschikt is als e-reader voor wetenschappelijke teksten.
Nu wij alleen nog maar e-journals hebben en ook steeds meer online boeken kopen loopt het uitprinten van pdfs de spuigaten uit. Daarom ben ik op zoek naar een oplossing.
De e-ink e-readers, die ik heb getest (iLiad, Cybook, Hanvon en Sony PRS) lezen als een speer waar het gaat om romans, platte tekst. Maar een wetenschappelijke tekst krijg je, door de pdf opmaak in kolommen en met tabellen en grafieken niet goed gelezen. Zet je alles om in epub-formaat dan gaan ook nog eens de leads en intro's door de tekst heen lopen.
Nu dus de iPad getest. en?
Fantastisch!!
Een pdf is goed te lezen, de letters zijn haarscherp, de plaatsjes en grafieken komen in kleur mee en je kunt het door het flexibele touchscreen vergroten en verschuiven hoe je het maar wilt hebben.
Ik ben helemaal om.
Voor het lezen heb ik 2 - gratis - applicaties geïnstalleerd: iBooks en Stanza.
In iBooks kun je boeken downloaden en pdf's neerzetten. Helaas kun je er geen aantekeningen in maken. Daarvoor heb ik nog een gratis app gedownload nl SmartNote Free. Daarmee kun je highlighten en aantekeningen maken. Het is nog niet optimaal, maar er zijn vast betere apps daarvoor.
Uiteraard heb ik de Nature app erop gezet, weliswaar voor iPhone, maar binnenkort komt er een speciaal voor de iPad. Kan dus meteen door de nieuwste artikelen scrollen. En verder de BBC News app en de app van Nu.nl voor het nieuws.
Ik heb gekozen voor een iPad met wifi only. Dat wil zeggen dat hij geen telefoonverbinding heeft,maar voor zijn internetaansluiting toegang moet hebben tot een netwerk. Over het algemeen werkt dat prima.
Met de Documents app kun je aantekeningen maken (tekst en spreadsheet) en die uitwisselen met je Google Docs. Met iFormulae kun je formules bekijken.
Video's zijn prachtig te bekijken: YouTube video's maar ook instructieve opnames. Podcasts kun je afluisteren.
Ik heb ook Flipboard geïnstalleerd, maar vindt eigenlijk de paper.li voor mijn twitterstream net zo mooi. Dit is een beetje houterig.
De Mendeley app, net nieuw en dus nog niet volmaakt, neemt wel mijn web collectie over, maar zonder de eerste auteurs en de titel, wat een beetje vreemd overkomt. Wel inclusief pdfs, die ik dan dus ook op de iPad kan lezen. Als die app goed zou zijn en je kunt in de pdfs aantekeningen maken dan is het helemaal perfect.
De Safari browser voldoet goed en je kunt er redelijk mee surferen.
*
En wat zijn de nadelen:
- het scherm spiegelt heel sterk, zodat je bijna altijd naar jezelf zit te kijken. In de zon lezen kan wel goed, want je kunt het scherm alle kanten opdraaien. Helaas zie je vette vingers op het scherm, waardoor ik eigenlijk constant aan het poetsen ben. Je kunt er wel beschermfolie voor krijgen hoorde ik.
- iTunes. Als er iets is wat een professionele toepassing van de iPad in de weg staat is het wel iTunes. iTunes is het programma wat je nodig hebt om de iPad te beheren. Zelden heb ik zo'n knullig programma gezien! Het is ooit eens gemaakt om populaire liedjes voor je iPod te kunnen downloaden, maar het is nu echt topzwaar geworden. De zoekfunctie kan niet slechter. Handiger is om een app met Google te zoeken en dan te proberen door te klikken zodat hij in iTunes opent. En wat een raar gefrunnik als je meerdere computers gebruikt, dan moet je telkens alles overzetten. En dat kan niet in een keer, maar met stapjes, en als je wat vergeet ben je het kwijt. Werkelijk vreselijk.
Mijn conclusie: iPad is een fijn apparaat en zo gauw er een op de markt komt zonder iTunes koop ik er een voor mezelf.
Deze gaat nu in de uitleen, ben benieuwd hoe dat zal gaan.

1 aug. 2010

Twee weken wandelen in Duitsland

Net als vorig jaar zijn we ook dit jaar weer naar Sauerland getogen om de Rothaarsteig verder te lopen. Inmiddels heb ik voor op mijn iPhone het Rothaarsteiglied gedownload "Wir wandern mit gesang am Rothaarsteig entlang. Wir lieben Wald und Bergen im schönen Sauerland" .

De route van de Rothaarsteig is uitzonderlijk goed aangegeven. overal zie je het Rothaarsteig teken. Langs de weg zijn veel rustplaatsen en schuilhutten. Ook hebben ze soms op mooie uitzichtpunten grote houten lijsten neergezet waardoor je het landschap als ingelijst kunt bewonderen. Het was erg warm dit jaar en dan is het goed in de bossen te toeven. Op de route veel beekjes en bronnen, met prachtige bloemen. Ook in Duitsland wordt veel aan natuurontwikkeling gedaan. Pal na de Tweede Wereldoorlog werden er veel naaldbossen aangelegd, om te voorkomen dat er weer een tekort aan hout zou ontstaan. Daar hebben ze nu wel een beetje spijt van, want van oorsprong horen er gemengde bossen of zelfs loofbossen (eiken-beukenbossen) te groeien. Op sommige plaatsen worden de productiebossen nu weer gerooid om een natuurlijker landschap te scheppen. Hele mooie voorbeelden daarvan zijn te zien in het Schwarzbachtal, het Edertal en het Ilsetal. Nadeel van productiebossen is ook dat ze meestal tamelijk saai zijn, en dat er flink in gekapt wordt. Je komt dan ook herhaaldelijk kapvlaktes tegen.