29 mei 2008

Blij met ISI


Een positief berichtje over ISI Thomson van Web of Science. Web of Knowledge moet ik eigenlijk zeggen, maar wij gebruiken alleen Web of Science.

[Overigens zag ik net pas dat de overkoepelend organisatie Thomson Reuters heet, is dat nieuw? Aanv. 13/6/08: klopt inderdaad, op 17 april heeft Thomson, Reuters gekocht.]

Bij de update naar de nieuwe versie heb ik wat kanttekeningen geplaatst. Gelukkig kon ik die ook kwijt in een gebruikersonderzoek wat zij na de update hebben uitgevoerd.

En ja hoor, het werkt!
• Het rechtsklikken voor het openen van een ander venster werkt.
• Je kunt weer via de ‘refine’ balk onderwerpen uitsluiten: ‘exclude’ is terug.
• De afkortingen lijst voor tijdschrifttitels is weer terug (en heet nu ook gewoon Journal Title Abbreviations).
• Ik kan de statistieken weer benaderen. Dat heeft even geduurd, want ze zijn op een andere methode overgestapt. Ik kan nu via mijn bibliotheek-inlog een tab openen met ‘Additional Resources’ en dan kom ik van daaruit bij Administrator Tools.
Als we dan straks ook nog kunnen bewaren na het verfijnen ben ik helemaal gelukkig.

28 mei 2008

Prestatie indicatoren

Het NOWT, observatorium voor Wetenschap en Techniek heeft de prestatie-indicatoren 2008 uitgebracht. Jaarlijks maken zij een analyse op basis van met name de gegevens uit Web of Science van de publicatie-output en de citatie-impact van de Nederlandse onderzoeksinstellingen. Dat wil zeggen van de Universiteiten, de onafhankelijke onderzoeksinstellingen zoals TNO en KNMI en de instituten van KNAW en NWO, evenals van enkele grote ziekenhuizen en commerciële instellingen.
De samenvatting alleen al is 35 pagina’s, maar die bevat gelukkig ook een ‘algemene conclusie’ van 2 A4. Conclusie is dat der Nederlandse R&D bestedingen beneden gemiddeld zijn vergeleken met andere westerse landen (1.37% van het BNP), terwijl er 18% van de werkende bevolking werkzaam is (iets meer dan gemiddeld). Echter zijn de Nederlandse onderzoekers erg productief en plaatsen Nederland daarmee in de top 3 van meest producerende landen ter wereld. In totaal worden al die publicaties ook nog eens 35% meer geciteerd dan het wereldwijde gemiddelde.
“Nederland scoort weliswaar zeer goed op wetenschappelijk gebied, maar bij Research & Development (R&D) in het algemeen, en bij innovatie in het bijzonder - beide belangrijke pijlers voor een vitale en succesvolle kennisintensieve economie - moeten wij tal van landen laten voorgaan.” Met dit citaat verwijzen de samenstellers van het rapport naar de Global Competitiveness Index (Nederland staat daar op de 10e plaats tussen UK (9) en Korea (11) en naar de European Innovation Scoreboard (Nederland staat daar in de gele – midden- zone tussen Oostenrijk (13) en Frankrijk(15).
Op pag. 48-52 wordt de wetenschappelijke prestaties van de KNAW instituten besproken en grafisch weergegeven. Het NIOO staat daar als meest publicerend instituut. 614 publicaties in de jaren 2003-2006. Heb ik nagekeken in Web of Science, dat klopt als je zoekt in het Adress veld op ”(Netherlands Inst Ecol) OR NIOO” en dan de jaren 2003+2004+2005+2006 selecteert, en vervolgens alleen de reviews en artikelen (geen brieven, congrespapers en editorials). Het NIOO heeft een citatie-impact score van 1.35 waarbij het mondiaal gemiddelde 1.0 is. De citatie-impact trend onder stijgende productie blijft min of meer gelijk.
In de bijlagen staan nog een paar leuke statistische tabellen over de citatie-trends in de tabellen 4.12-4.14. Dat geeft aan dat het voor het NIOO een stabiele, licht stijgende trend is.
Interessant om te zien dat de citatie-impact van het Hubrecht-laboratorioum na het promoveren van Plasterk tot minister verdubbeld is!

22 mei 2008

Tijdschriften met ISSN

In het kader van de Metis implementatie, ben ik nu een lijst aan het samenstellen van de tijdschriften waarin medewerkers hebben gepubliceerd inclusief de afkorting, het ISSN, de uitgever en de rechten.
Het valt nog niet mee om alles bij elkaar te schrapen. De basislijst is tamelijk makkelijk gemaakt, maar dan komt de redactie en de probleemgevallen.
Wat waar vind je die informatie?

Wel, op de volgende plekken:
- Genamics Journal Seek (geeft titel tijdschrift, afkorting, ISSN en link naar de website van de uitgever (indien aanwezig)
- ISSN International Center ( voor register het ISSN Portal, moet je een abonnement hebben, maar ze hebben wel een ander interessant product namelijk de LTWA, List of Title Word Abbreviations, die voor elk woord een afkorting geeft . Bijv. journal = j.
- Worldcat (geeft niet altijd een afkorting, maar meestal wel een ISSN)
- Web of Science via de Publication Name Index ( voorheen hadden ze ook een afkortingenlijst en die wordt ook nog wel in de helpindex genoemd, maar is niet meer online – error 404 page not found)

Voor de copyright policies kun je terecht op de websites van de uitgevers zelf, maar een mooi overzicht is te vinden op de site van SHERPA/ROMEO.
Ze laten zien wat er mag met pre-prints, post-prints en onder welke voorwaarden. Over het algemeen zijn er wel wat beperkingen. Maar ik vond het wel opmerkelijk dat je vaak na een embargo-periode en met voldoende vermelding van de uitgever van veel tijdschriften toch wel de pdf’s mag aanbieden.
Helaas is eenheid nog ver te zoeken, iedereen heeft zijn eigen regeltjes.

19 mei 2008

Stoichiometrie

Een van de populaire boeken van de laatste tijd is:
Ecological stoichiometry : the biology of elements from molecules to the biosphere / Robert W. Sterner and James J. Elser. - Princeton, NJ [etc.] : Princeton University Press, cop. 2002. - XXI, 439 p. : ill. ; 24 cm. Met lit. opg. en index. ISBN 0-691-07490-9

Een van onze onderzoekers vertelde me dat het inderdaad helemaal ‘in ‘ is maar wel erg ingewikkeld.
Dus laat ik eens kijken wat het betekent. In de Nederlandse Wikipedia is een beknopte uitleg: “Stoichiometrie of stoechiometrie (uit het Grieks: stoicheion betekent element en metron betekent maat) is de verhouding waarin chemische verbindingen met elkaar reageren en de verhouding tussen de uitgangsstoffen en reactanten van een chemische reactie. …Antoine Lavoisier (1789) was de ontdekker van de stoichiometrie en de behoudswet (Met een behoudswet wordt uitgedrukt dat een aantal eigenschappen van een systeem constant zijn als er geen externe factoren een rol spelen) van massa die ermee verband houdt. Hij was de eerste chemicus die de stoichiometrie van reacties onderzocht.”
De Engelse Wikipedia is veel uitgebreider, maar dan wordt het al wel erg ingewikkeld, met veel formules en chemie.


In de Amazon bookdescription wordt over dit boek gezegd: “Synthesizing a wide range of knowledge, Robert Sterner and Jim Elser show how an understanding of the biochemical deployment of elements in organisms from microbes to metazoa provides the key to making sense of both aquatic and terrestrial ecosystems.”
Dus in ‘gewoon’ Nederlands: doordat er altijd een evenwicht is in elementen, kan de verhoging van bijvoorbeeld CO-2 in de atmosfeer leiden tot een verhoging van de groei van giftige blauwalgen. Nee, eenvoudig is het zeker niet.

Nieuwe layout

Ben overgestapt op een nieuwe layout 'Tekka' en die aangepast in Honeydew. Ziet er wat frisser uit. Nu nog een nieuwe foto erbij.

17 mei 2008

Tentoonstelling Merian


Net voor afloop van de tentoonstelling over het leven en werk van Maria Sibylla Merian naar het Rembrandthuis geweest. Ze tekende planten, vaak met insecten erop. Ze genoot ook wetenschappelijke bekendheid, vooral door haar manier om het verpoppen van rupsen naar vlinders te laten zien.
Ze was al over de vijftig toen ze naar Suriname ging, (in de 17e eeuw een reis die 2 maanden duurde) om daar planten en insecten te bestuderen. Daar heeft ze uiteindelijk ook een boek met illustraties over uitgegeven. Voorheen had ze al diverse boeken, onder meer rupsenboeken, gemaakt van de lokale (Duitse en Nederlandse) natuur.
Heel precies en fijntjes getekend.
Blij dat ik gegaan ben. Tot slot nog even een bezoekje aan de Hortus om de tropische planten en vlinders in levende lijve te zien. (Helaas geen blauwe morpho's, wel grote uilvlinders).

De tentoonstelling in het Rembrandthuis is afgelopen, zie ook de website. Maar in de zomer is hij te zien in het Getty Museum in Los Angeles.

14 mei 2008

Zoek een boek in Science Direct

Zoeken in Science Direct blijkt een hele kunst apart.
Aan het eind van 2007 hebben we een aantal e-books aangeschaft. Een deel konden we meteen benaderen, maar een aantal andere titels konden we niet vinden in Science Direct.
Bijvoorbeeld de – zeer gewilde titel – 'Numerical Ecology'.
In het startscherm van Science Direct heb je de mogelijkheid om op Title, Abstract, keywords te zoeken, en dan bedoelen ze op artikel niveau.
De regel daaronder geeft de mogelijkheid te zoeken op Journal/book title. Daar kan je dus zoeken op boektitel.
Ik zoek dus het zoek dus (voorbeeld, we hebben nog een twintigtal van zulke) het boek (Picarta titel):

Numerical ecology / Pierre Legendre and Louis Legendre ; [transl. from the
French]. - 2nd English ed. - Amsterdam [etc.] : Elsevier, 1998. - XV, 853 p. : ill. ; 25 cm. - (Developments in environmental modelling, ISSN 0167-8892 ;20)


Numerical Ecology in Titel, abstracts, keywords geeft een heleboel tijdschriftartikelen maar geen boek. Numerical Ecology in de Journal/book title geeft niets.
Legendre in Auteur geeft een paar andere artikelen, niet het boek.

Advanced search levert geen betere resultaten, opmerkelijk is dat als je onder de tab BOOKS zoekt, hij dan als resultaat met ‘925 articles’ aankomt.

In de licentie-overeenkomst wordt alleen maar over de titel ‘Numerical Ecology’ gesproken. Wij konden het dus niet vinden.

Gelukkig biedt de Science Direct Helpdesk – weliswaar enigszins verlaat, maar toch, uitkomst:
Als je ‘Numerical Ecology” zoekt, moet je zoeken naar “Developments in environmental modelling” in het zoekvenster voor Journal/Book title. Vervolgens klik je op de titel “Developments in environmental modelling” en dan zie je in de linker zijbalk onze titel “ Numerical Ecology” staan.
Goed verstopt niet?

Maar ja, het is dan ook een gewild boek, dat moet je schaars houden.
Aanvulling: Je kunt er overigens ook rechtstreeks naar linken, maar die URL wordt dan eindeloos lang. Voorbeeld: http://www.sciencedirect.com/science?_ob=PublicationURL&_tockey=%23TOC%2341863%231998%23999799999%23655311%23FLP%23&_cdi=41863&_pubType=BS&_auth=y&_acct=C000026118&_version=1&_urlVersion=0&_userid=521929&md5=c70859bad2a7422c1cccadc5334ab687 Ik heb de link eronder gezet, maar werkt niet, wellicht met een tinyurl wel.




Boos op Adobe

Frustraties over Adobe Digital Editions. Ik was er al niet zo blij mee, dat ik maar op één PC een e-book, gekocht bij Springer (DOE DAT DUS NOOIT!!!), alleen met Adobe Digital Editions kon openen.
Maar nu hebben ze het helemaal bont gemaakt!
Gisteren zit ik nog in het boek te lezen.
Vanochtend wil ik het openen en zegt het programma: Er is een update: GET UPDATE. Ik kan kiezen tussen het programma sluiten of GET UPDATE doen. Nou Ok dan.
GET UPDATE brengt me naar een site bij Adobe , waarvan ik de versie 1.5 kan downloaden. Ik klik op de download knop. Er gebeurt niks.
Nog maar eens: verder naar beneden op de pagina staat ook nog een INSTALL knop. Die dan maar geprobeerd. Er lijkt wat te gebeuren, maar dan verandert de INSTALL knop in een LAUNCH knop en door middel van die knop start ik Adobe Digital Editions weer op, die vervolgens zegt GET UPDATE.
Alle voorgeschreven en aanbevolen security settings aangepast, maar ik blijf in deze loop vastzitten.
Daar gaat mijn boek!

13 mei 2008

Feest KNAW

En het feest natuurlijk.
Donderdag 8 mei hebben we – als medewerkers – gevierd dat de KNAW 200 jaar bestaat.
Overdag was er een besloten bijeenkomst: in de ochtend met de Koningin en genodigden (ook enkele medewerkers die een toegangskaart gewonnen hebben) en ’s middags was er een ontvangst voor de academieleden (de bijzondere hoogleraren).
Het 200 jarig bestaan van de KNAW wordt het hele jaar gevierd met een grote lauwerkrans om het Trippenhuis (in Amsterdam het kantoor van het Bureau van de KNAW) en met een eigen website.
Op de website staan bijzondere columns ( - een hele leuke van onze directeur Louise Vet over het mooie van het onderzoeksgevoel) en informatie over bijzondere collecties en gebeurtenissen.
Tijdens de plechtige ochtendbijeenkomst op 8 mei werd de Onderwijsprijs ingesteld en de eerste uitgereikt aan Minister Plasterk. De Onderwijsprijs is een prijs voor het beste profielwerkstuk van een leerling van het voortgezet onderwijs. Om met Frits van Oostrom te spreken: "Met de prijs willen we scholieren laten ervaren hoe spannend en bevredigend het is om je te laten uitdagen door de magie van het vraagteken en de zoektocht naar een antwoord. Daarbij gaat het om de chemie tussen geïnteresseerde leerlingen, inspirerende leraren en een stimulerend schoolklimaat."
Ook werd het boek over (het eerste deel van)de geschiedenis vna de KNAW gepresenteerd getiteld “ De stem van de wetenschap” geschreven door Klaas van Berkel (ISBN 9789035132672).
Maar ’s avonds was er dus feest voor alle KNAW-medewerkers, niet alleen van het Bureau, maar ook van de instituten. Alle instuten hadden in de Beurs van Berlage een aparte ruimte toegewezen gekregen waar ze zich konden presenteren, met informatie, met muziek, met dans of hoe ze zich maar wilden laten zien.
De Beurs is echt een mooie plek om een groot feest te houden, met een mooie grote zaal waar je vanaf de galerijen boven kunt inkijken. Er waren eet- en drinkbuffetten, er was muziek en veel collega’s.


12 mei 2008

Pinkster aankoop

Bij Computerpirates in Weesp vrijdag een nieuwe PC gekocht: een minilaptop, de Asus EEE PC 4G Surf. Een kleine PC met een schermpje van 7 inch, Linux operating system en een appelgroen bovenblad.



Ik was al langere tijd ontevreden met mijn PDA, met name omdat je er net niet dat extra's mee kunt wat ik met een kleine laptop wel hoop te kunnen: nl. snelle notities maken, iets opzoeken op Internet en dat alles in een hanteerbare vorm.
Het is een erg leuk hebbeding.
Alleen Linux is wennen.
De EEE in de naam staat voor Easy to work, Easy to Learn en Easy to Play, of ook wel voor Easy to work, learn and play, Excellent internet experience, Excellent on-the-go.
Er is al van alles op geïnstalleerd onder de tabbladen: INTERNET, WORK, LEARN, PLAY, SETTINGS.
Internetverbinding met WiFi en met mijn netwerkkabel is geen probleem. Nu nog Internet onderweg. Een medeklant vrijdag zei dat hij UMTS ging installeren. Misschien moet ik dat ook doen, of zo'n laptopstick. Even afkijken nog.
Onder WORK zijn ook diverse PDA faciliteiten, zoals agenda, to-do-lijst etc. geïnstalleerd met de naam KOrganizer. Hmm zo handig, of zou ik online agenda gaan houden? Er zitten Open Office tekstverwerker, spreadsheet en presentatiesoftware op. Een muziek- , video- en radio speler en een fotoviewer. Ook nog wat spelletjes van solitaire tot sudoku.
Eerst via de File manager al die irritante My-mappen weggegooid. Niet handig natuurlijk, want sommige opstartschermen zijn darmee verbonden. Dus je kunt beter eerst een programma opstarten, de settings veranderen naar 'normale' mappen en dan die My documents etc. wegdoen. Foto's erop en muziek - Barbra Streisand doet het uitstekend op de mini, en de zoon van mijn buurman vond het zelfs een cool geluid.
Het scherm is wat klein, maar er zit een handige scrolhulp op het touchpad. Printer installeren was geen probleem en mijn usb-sticks passen er ook perfect in.
Ik heb nog niet ontdekt hoe ik die standaard links naar programma's enzo kan verwijderen c.q. aanpassen. Zo is er een icoontje met iGOOGLE. Maar dat gaat buitengewoon traag. Als ik gewoon WEB opstart (Firefox) en dan mijn iGoogle als startpagina ben ik drie keer sneller.
En ik vind het aanklikken wat stroef gaan, heb de touchpad al een paar keer aangepast, maar lukt niet zo. Het installeren van andere programma's kan niet, nou ja, ik weet niet hoe. Volgens het handboek kun je wel ook Windows erop installeren en dan kun je 'gewoon' een exe-bestand uitvoeren.
Hij past wel mooi in mijn handtas en ik wil hem dus voortaan overal meenemen.
Een blije Pinksteren dus en fijn gespeeld met mijn nieuwe aanwinst!

7 mei 2008

Oratie Prof. Stal

Tijdens mijn verblijf in Washington heeft een van onze werkgroepleiders zijn oratie uitgesproken. Hoewel hij al langer aan de Universiteit van Amsterdam als hoogleraar verbonden was, heeft hij pas op 11 april 2008 zijn inaugurele rede uitgesproken. Het kwam er niet eerder van zei hij. In zijn rede wild hij met name ook voor buitenstaanders een helder beeld geven van zijn vakgebied – mariene microbiologie.
Vorig jaar tijdens mijn cursus “Cutting Edge Ecology” gaf hij een gloedvolle presentatie over gesteenten (stromatolieten) uit de begintijd van het leven op aarde, waarin nog de fossielen van bacteriën terug te vinden zijn.
Fossil stromatolites date back 3.5 billion years. Stromatolites are laminated rocks that were formed in shallow marine settings through the precipitation of silicate as the result of the growth and metabolic activities of microorganisms.

Prof. Stal is aangesteld als bijzonder hoogleraar in de mariene microbiologie, in het Instituut voor Biodiversiteit en Ecosysteem Dynamiek (IBED) van de Faculteit der Natuurwetenschappen, Wiskunde en Informatica.IBED (Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics) is een onderzoeksinstituut van de UvA, waar het NIOO regelmatig mee samenwerkt.
IBED is a multidisciplinary research institute with a mission to increase our insights in the functioning of ecosystems in all their complexity. Knowledge of the interactions between living organisms and processes in their physical and chemical environment is essential for a better understanding of the dynamics of ecosystems at different temporal and spatial scales.
De oratie was getiteld ‘Een zee van bacteriën’
Lucas Stal gaat in op de overweldigende diversiteit aan bacteriën in zee en oceaan. Elke milliliter zeewater bevat ruwweg ca. 1 miljoen bacteriën en 10 miljoen virussen. We kunnen slechts 0.1 tot 1% van deze bacteriën en virussen in het laboratorium isoleren, opkweken en bestuderen. Van de overige 99.9% weten we veel minder, maar we kunnen hun aanwezigheid detecteren aan de hand van hun DNA. Bacteriën spelen een cruciale rol in de oceanen. Ze zijn verantwoordelijk voor meer dan de helft van de totale CO2-invang door fotosynthese in zee en voor 100% van de stikstofinvang. De uitdaging voor de komende jaren is om middels geavanceerde technieken meer inzicht te krijgen in de samenstelling en het functioneren van deze mariene micro-organismen.

Leuk om te lezen. Het blijft onvoorstelbaar dat er zo veel micro-organismen zijn war wij nog maar zo weinig over weten.